《地下國社：德國新納粹X檔案》根據真實事件改編，新納粹恐怖組織地下國社（NSU）確實存在，該組織從2000年到2006年犯下十件冷血謀殺案及多起銀行搶案，組織成員之一畢雅特查佩至今仍受審中。

冷戰結束、東歐鐵幕垮台之後，一個稱為「地下國社」（National Socialist Underground，簡稱NSU）的極右派恐怖組織悄悄在德國出現，在十多年內犯下多件殘殺移民的冷血謀殺案，稱「伊斯坦布爾連續殺人犯」，所有受害者皆斷魂於同一把槍下。雖然證據確鑿，但警方並未懷疑是右翼分子的陰謀，而把偵辦方向定調為國際種族衝突，死者則被警方視為毒販或罪犯，而非無辜的民眾。多年來，三名嫌犯多次被捕後獲釋，他們分別為畢雅特、波尼、烏維。

能言善道的烏維大力鼓吹右翼思想，讓畢雅特大受啟發，而波尼的火爆脾氣也吸引她。三人窩居一起，發想攻擊計劃，目的是「把德國交還給德國人」。

情報局開始懷疑畢雅特是地下國社成員，但她拒絕配合。警方因深信內賊涉案，而在偵查時有護短之嫌，嫌犯檔案在各單位之間傳遞，造成年輕罪犯把三人當成偶像。聯邦當局為了保護秘密證人的身份，又對偵查過程多加阻撓。攤牌的最後一刻來臨，烏維與波尼選擇激進的方式退場。數日之後，畢雅特投案，但拒絕配合調查，而且看來似乎與情報局勾結，互相庇護。三名成員的動機究竟是什麼？情報局怎麼會看不出案情？唯一知情者就是狡詐的組織倖存者畢雅特……